比较中小企业板块和创业板的定义，可以看出两者的上市对象和功能基本相同。虽然如此，但是它们之间还是有区别的，主要表现在：
   (1)中小企业板块的进入门槛较高，上市条件较为严格，接近于现有主板市场。而创业板的进入门槛较低，上市条件较为宽松。
   (2)中小企业板块的运作采取非独立的附属市场模式，也称一所两板平行制，即中小企业板块附属于深交所。中小企业板块作为深交所的补充，与深交所组合在一起共同运作，拥有共同的组织管理系统和交易系统，甚至采用相同的监管标准，所不同的主要是上市标准的差别。例如，新加坡证券交易所的Second Board、吉隆坡和泰国证券交易所的二板市场与香港创业板等都是这样。而我国今后设立的创业板，其运作将采取独立模式，即创业板与主板市场---上交所分别独立运作，拥有独立的组织管理系统和交易系统，采用不同的上市标准和监管标准。例如，美国的Nasdaq、日本的OTC Exchange、我国台湾的ROSE和法国的"新市场"等，即是如此。
   (3)从设立的时间顺序来看，中小企业板块要先于创业板。或者说，中小企业板块是未来创业板的雏形。